Bu zafer sonrası Kanuni Sultan Süleyman, Hint Kaptan-ı Deryası vazifesine getirdiği Piri Reis'e çok gizli bir görev vermiştir. Buna göre Kanuni Sultan Süleyman, İran'ı tamamen fethetmek için harekete geçecekti. Bu sırada Portekizlilerin Basra üzerinden fethe müdahalesini kesmek için Piri Reis, 15 bin kişilik kuvveti Basra'dan gizlice alarak büyük bir gizlilik içerisinde Hürmüz'e götürecek ve burası Portekiz işgali ve tehdidinden tamamen temizlenecekti. Plan devreye koyulmuşsa da Portekizlilerin bölgede Alvaro de Noronha gibi kritik bir amirali vardı.
Piri Reis'in hünerlerini yakinen bilen Noronha; fustalarını alarak (küçük hızlı gözcü gemisi) her türlü riske rağmen Piri Reis'in tüm hareketini takip ediyordu. Hatta bir fustaya bizzat binerek Piri Reis'i izleyen önemli amirallerden Simão da Costa canını son anda kurtarabilmişti. Piri Reis, planın deşifre olduğunu düşünerek elindeki donanmayla Maskat'ı kuşatmış ve ele geçirmişti. Bir ticaret şehri olan Maskat'ın zenginlikleri dillere destandı. Piri Reis yağmayı tamamladıktan sonra Basra'ya döndüğünde Kubad Paşa tarafından hiç de iyi karşılanmamıştı. Piri Reis, plana ihanet etmişti ve Kanuni Sultan Süleyman'ın kendisine verdiği görevi yerine getirmemişti. Yaptığı hatanın geç de olsa farkına varan Piri Reis, ele geçirdiği hazineleri üç gemiye yükleyerek İstanbul'a doğru hareket etti.
Bu hareketle kendisini Kanuni Sultan Süleyman'a affettirmeyi umuyordu; ama onun Basra'dan çıkarak İstanbul'a hareket ettiğini öğrenen Portekizliler, vakit kaybetmeden Basra'daki Osmanlı güçleri üzerine büyük bir sefer başlattı. Piri Reis yoldayken bir gemisini kaybetmiş ve İskenderiye'ye çok zor şartlarda varabilmişti. Karaya adım atar atmaz Kanuni Sultan Süleyman'ın fermanınca yakalandı ve 1554 yılında boynu vurularak idam edildi. Uzun yıllar Osmanlı Devleti'ne hizmet eden Piri Reis kaç yaşında öldü? İdam edildiğinde 80 yaşının üzerinde olan Piri Reis mezarı yeri ise bilinmemektedir.