Kasım ayının sonunda Refet Paşa, Yüksek Komiserlerden Müttefik Kuvvetlerine karşı işlenen ağır suçlarla ilgili davalara bakan Sıkıyönetim Mahkemelerinin lağvedilmesini talep etti. 1919’da Kraliyet Hukuk Müşavirliği’nin onay vermemesine rağmen kurulan bu mahkemelerin yasal bir dayanağı yoktu. Bu konu bir daha gündeme gelmediğine göre, mahkemelerin lağvolunduğu kabul edilebilir. Aralık ayında, gümrük idaresi Türklerin yönetimine geri verildiğinde pasaportlara ilişkin sorunlar yaşandı. Türk yönetimi, müttefikler tarafından çıkartılan ve Osmanlı uyruklarını kendi “himayeleri” altında gösteren pasaportları bundan böyle tanımak istemiyordu. Ne müttefikler ne de Kuvvâ-yı milliyeciler yekdiğerine tamamen boyun eğmeye niyetliydiler. Gene de aralarında herhangi bir olay çıkmamasına özen gösteriyorlardı.Müttefik Yüksek Komiserleri tüm Osmanlı uyruklarının Türk polisinin yetki alanına girmiş olduklarını kabul etmiş olmalarına rağmen, yeni Türk yönetimi vatandaş olarak durumları henüz açıklığa kavuşmamış olan İstanbul Rumları’nın Müttefik polisinin yetkisinde olmalarından rahatsızlık duyuyordu. İngilizler Osmanlı Rumlarına eziyet edilmediğini kabul ediyorlardı ama gene de Müttefik polisinin Rumlar üzerinde yetkisini kullanma hakkından vazgeçmediler. İngiliz Yüksek Komiser Vekili Henderson, İstanbul’un her şeye rağmen Müttefiklerin elinde bir koz olduğunu düşünüyordu; İstanbul, Lozan’da Türklerin sergilediği “haşin” tutuma karşı bir kozdu.